Foi criada em 1997 visando aproveitar o mercado surgido após o processo de desestatização das ferrovias brasileiras.

No início de 1998 a ENGESIS conseguiu o seu primeiro contrato para o desenvolvimento da interface gráfica do sistema de licenciamento que estava sendo desenvolvido para a FCA Ferrovia Centro-Atlântica, umas das ferrovias nascidas da privatização da RFFSA Rede Ferroviária Federal SA.

Em maio de 1999, a ENGESIS expandiu este contrato para fazer, além da interface gráfica, a parte de segurança do sistema, surgindo assim o sistema ENGESIS-ACT (Automação da Circulação de Trens), que já no final do ano de 1999 estava operacional na FCA Ferrovia Centro-Atlântica.

Em 2000 esse sistema já havia sido adquirido pelas Ferrovias FERROBAN Ferrovias Bandeirantes SA, FERRONORTE Ferrovias Norte Brasil SA e Ferrovia Novoeste SA que passaram a operar juntas num mesmo ambiente.

Em 2001 o sistema foi implantado na ALL America Latina Logistica do Brasil SA.

No ano seguinte o sistema ultrapassou as fronteiras brasileiras sendo instalado em duas ferrovias da ALL America Latina Logística - Argentina, a Mesopotâmico General Urquiza (MESO) e a Buenos Aires al Pacifico (BAP).

Em 2004, o sistema ENGESIS-ACT foi implantado com sucesso na CFN – Companhia Ferroviária do Nordeste, localizada em Fortaleza, ampliando ainda mais a liderança no mercado de sistemas de centro de controle ferroviário no Brasil.

No ano de 2005, o sistema foi implantado na MRS Logística SA, passando a controlar também um trecho sinalizado (Linha São Paulo).

Atualmente o sistema encontra-se implantado e completamente operacional na PCRC - Panamá Canal Railroad Corporation, localizada na cidade do Panamá. Foram incorporados ao sistema ENGESIS-ACT, funções relativas a computador de bordo de locomotiva, em parceria com a Quantum Engineering, Inc. O computador de bordo tem como função principal supervisionar a operação do trem de tal forma que bloqueie qualquer tentativa de infrigir as ordens de movimentação do trem determinadas pelo ENGESIS-ACT.

Devido ao sucesso do ENGESIS-ACT e de sua experiência na área ferroviária, a ENGESIS foi contratada pela ALL - America Latina Logistica do Brasil SA para desenvolver o TRANSLOGIC, um sistema de gestão de operação ferroviária que contempla desde o planejamento do transporte ferroviário até a entrega da carga ao cliente. Este projeto foi um marco importante para a ENGESIS devido ao tamanho do sistema, à nova tecnologia utilizada (totalmente baseado na Web, fato inexistente até então no meio ferroviário), e ao seu curto prazo de desenvolvimento, (menos de um ano desde o início dos trabalhos até sua implantação definitiva), marcando definitivamente a ENGESIS como uma empresa de soluções de ponta em Tecnologia de Informação.

Devido ao sucesso do TRANSLOGIC e após análise e avaliação de nove produtos similares, sendo sete internacionais e dois nacionais, a VALE, com objetivo de integrar em um unico sistema o processo de três de suas ferrovias, optou por adquiri-lo denominando-o UNILOG.

O projeto Unilog foi implantando com sucesso na VALE e atualmente encontra-se em operacão na FCA Ferrovia Centro-Atlântica, EFC Estrada Ferro Carajás, EFVM – Estrada de Ferro Vitória a Minas e FNS – Ferrovia Norte Sul.

Com mais de 25.000 Km de malha ferroviária nacional e 533 trens diários no Brasil, e mais de 5.000 Km de malha ferroviária internacional e 68 trens diários em outros países sendo controlados por seu sistema, a ENGESIS torna-se líder de mercado no fornecimento de sistemas para centro de controle ferroviário no Brasil.